Een endo-echografie combineert twee methoden: een endoscopie en een echografie. Het apparaat lijkt op de endoscoop van een maagonderzoek, maar is iets dikker en heeft aan de punt een kleine echokop. Het wordt via de mond in slokdarm, maag en twaalfvingerige darm gebracht, bij vragen over de endeldarm via de anus.
Het voordeel zit in de nabijheid. Bij een echo via de buikwand zitten lucht in de darm en het weefsel daartussen in de weg; diepgelegen organen zoals de alvleesklier zijn vaak maar gedeeltelijk te zien. Van binnenuit scheiden slechts enkele millimeters de echokop van maagwand, alvleesklier, galgang en lymfeklieren. Het beeld toont de afzonderlijke lagen van de wand en ook kleine afwijkingen – zonder röntgenstraling.
Veelvoorkomende redenen zijn een uitstulping onder het slijmvlies die bij een maagonderzoek is opgevallen, cysten of knobbels in de alvleesklier en het vermoeden van een steen in de galgang als een gewone echo geen duidelijkheid geeft. Na een alvleesklierontsteking zonder aanwijsbare oorzaak zoekt de endo-echografie naar kleine steentjes. Bij tumoren van slokdarm, maag of endeldarm laat het onderzoek zien hoe diep ze in de wand reiken en of nabijgelegen lymfeklieren veranderd zijn; daarvan hangt de verdere behandeling af.
Blijft een bevinding onduidelijk, dan kan onder echobegeleiding een dunne naald door de wand naar het afwijkende gebied worden geleid. Deze punctie met een dunne naald levert weefsel of vocht op voor het laboratorium, zonder snede en via een korte weg. Van de ERCP verschilt de endo-echografie in het doel: ze dient vooral voor de diagnose, de ERCP voor de behandeling van de galgang. Vindt de endo-echografie een galgangsteen, dan kan de ERCP vaak meteen aansluitend volgen.